任命施琅担当远征重任
统一台湾，一直是康熙的心愿。由谁来了结这一心愿，康熙想到施琅。施琅，原是郑成功手下一员虎将，1651年5月20日因手下部将曾德不忠于自己，在处罚曾德时与郑成功闹翻，结果施琅的父亲、弟弟施显、堂弟施福，被郑成功杀于南澳沙滩，施琅本人愤而投靠清军。施琅治军有方，水师能攻善战，因而有“郑经畏施琅如虎”之说，这更证明了康熙用人的正确。
施琅与郑家的仇恨远不止此，1680年2月，正值郑经率军参加“三藩之乱”，施琅儿子施世泽、侄公子施明良在金厦地区准备率兵举义，擒拿郑经，事为刘国轩探知，两公子及家眷亲兵72口被杀害，尸体沉入海底。施郑两家，一仇未了，一仇又起。
在如何统一台湾问题上，康熙曾在1662年即位后，由于与郑经议和不成，对台基本策略由“议和”改为“征剿”。任命施琅出任福建水师提督，于康熙3年（1664）11月和次年5月，进军澎湖，因“天时不利”、“风向莫测”而中止。康熙4年（1665年）4月16日，施琅又组织第三次进军，第二天中午已经到达澎湖海面，突然乌云翻滚，暴雨倾盆，船队失去控制，不得不鸣炮返航。前后3次进军均告失利，施琅满腔悲愤，只能哀叹命运的捉弄。
康熙没有原谅施琅的退兵，下令撤销福建水师，提督施琅调进北京任“内大臣”，在北京一所富丽堂皇的宅院中，一住就是13年。13年间，清闲自在，自得其乐，只是放不下统一台湾一事。
军事上的失败教训，提醒了康熙皇帝，准备改变策略，清廷的对台政策由“征剿”改为“议和”。先后在1667年7、8月间，派遣福建招抚总兵官孔元章和道员刘尔贡、知州马星等人；1669年间，派遣刑部尚书明珠、吏部侍郎蔡毓荣等人；1677年5月，派遣佥事道朱麟、庄庆祚等人；1682年，福建总督姚启圣派遣副将黄朝用等人，作为谈判代表，与郑经进行了四次七轮谈判。但因郑经坚持仿效朝鲜“称臣纳贡不登陆不削发”，而被颇有远见的康熙皇帝为统一国家，同意“称臣纳贡不登陆”，但坚决拒绝“不削发”的条件。因为“削发”是清朝臣民的象征，台湾是大清王朝的领土，朝鲜只是保护国，台湾“东宁小朝廷”不能不削发。在“议和”阶段，福建总督姚启圣发布了《招抚条例十款》，并在漳州修建“修来馆”，数年之内，招安郑官兵10万余人，严重削弱了郑军的战斗力。
为压缩台湾郑氏集团的空间，康熙于康熙7年（1668年）间实施“禁海政策”，查禁输往台湾的粮食、布疋、铁、钉、油、麻等生活、生产资料，对郑经集团实行海上封锁。沿海50里地区内的居民举家内迁。“禁海政策”，对台湾形成较大威胁，直接影响到台湾社会的稳定和发展。同时，在“议和”不能统一台湾的情况下，康熙皇帝在康熙17年（1678年），下诏重建福建水师，准备武力统一。
解决台湾问题的时间、时机逐渐到来。1680年（康熙19年），“三藩之乱”基本平定，战局变得对清廷极为有利。在此前后，“东宁小朝廷”政局不稳，内斗激烈；郑氏集团内部“自立乾坤”、公开分裂之风有所抬头，必须及早制止这一分裂苗头。清朝统一台湾的时机逐渐成熟。
康熙的战略是，顺而抚之，逆而剿之。“剿”、“抚”并用不行，只有“因剿寓抚”才可成功。先剿，消灭对方有生力量；后抚，减少阻力分化对方。在康熙看来，两岸都是大清臣民、大清领土，能抚则抚；多年来招抚政策之所以没有成功，是因为郑氏集团还有割据实力，必须在消灭郑氏军队主力的基础上，逼使“东宁小朝廷”接受城下之盟。因此，“剿”则是“抚”能成功的前提和保证，不“剿”则“抚”无从谈起；不“抚”则伤亡太大。
1681年7月底，康熙任命施琅为“右都督充福建水师提督，加太子少保”，命其前往福建，克期统领舟师，进取进湖台湾。不久，康熙任命收复台湾的最高统领集团：宁海将军喇哈达为福建最高军事统帅，姚启圣为福建总督，吴兴祚为福建巡抚，原水师提督万正色为福建陆路提督，施琅为福建水师提督。
10月初，施琅到达福建水师衙门海澄，立即进行各种战前准备，尤其重视整训水师。同时，研拟的作战方案是，根据“因剿寓抚”策略，其一，在进攻目标上，首取澎湖，在澎湖消灭郑氏集团的精锐水师。其二，乘南风风轻浪平之利，在五、六月间进军。其三，在进军路线上，从铜山出发，穿过台湾海峡，袭击刘国轩侧背。施琅的作战计划应该说是正确的、可行的。
施琅的计划受到总督府的质疑，由于当时清朝上层盛行的“督提之争”，即掌握全权的总督和掌握军权的提督之间，经常难于一致。姚启圣和施琅也是如此，结果施琅的计划被推迟。1682年5月5日，施琅按照预定计划移师铜山港，也被姚启圣强令于6月4日退回厦门。姚启圣和施琅两方虽说友谊很深，但终因权力分散和作战计划的不同，开始了为期不短的争论，直到10月6日，康熙才正式决定，授予施琅“专征权”，施琅取得了负责指挥统一台湾战争的全权，结束了这一场督提之争，他的行动计划也得到肯定。
郑克塽澎湖驻重兵
“东宁小朝廷”恐惧的施琅终于来到，再次成为郑氏集团的对手。郑克塽和辅政王郑聪、左龙骧将军郑明、右龙骧将军郑智等人惶恐不安。他们担心的是“战争临头”、“玉石俱焚”、“满门抄斩”，东宁当局处于一片惊慌和混乱之中。有些人甚至主张，派使者南联吕宋、苏禄诸国，北结日本，许以重酬，请他们派船派兵来台，共同赶走清军，“自立乾坤”。刘国轩等将领主张，决一死战，成败在此一举。
在准备军事讨伐的同时，施琅、姚启圣也没有放弃和平攻势。郑氏集团驻守澎湖的陈公飞，派人送来了福建总督姚启圣副将黄朝用传来的《讨伐通谍》。《通谍》明确宣布，彼若执迷不悟，自立乾坤，我将万船齐发，犁其巢穴。面对此情此景，郑克塽接受刘国轩的建议，派出刘国轩亲驻澎湖，全盘指挥与施琅的战争。刘国轩现为郑氏集团服务、过去是清军的将领，施琅现为清军服务、过去是郑氏集团的将领，两位都是背叛了原来各自阵营的将领，开始了直接面对面的交锋，只是谁胜谁负的结局似乎已经不能改变。
郑克塽任命刘国轩为“正总督”，“征北将军”曾瑞、“定北将军”王顺为“副总督”，以“水师左虎卫”陈公飞为“左先锋”，以“援剿左镇”陈谅为“右先锋”，以“右武卫”林升为“水师提调”。调集“提督中镇”洪邦柱、“建威中镇”黄良骥驻澎湖；调集“兵都事”李德、“户都事”杨贤移驻澎湖专事粮秣物资之责；擢任“参将”朱霖为东宁城守将。
刘国轩亲赴澎湖，对于防守澎湖一事，命“戎旗一镇”吴潜镇守澎湖风柜尾；“果毅中镇”杨德镇守澎湖鸡笼屿；“后提督”张显镇镇守澎湖牛心湾；“游兵镇”陈明镇守澎湖四角山；“果毅后镇”吴禄镇守澎湖内堑；“壁宿镇”杨章镇守澎湖外堑；“右虎卫领兵”江高镇守澎湖东屿。守卫岛屿固然重要，但起决定作用的是海上拼杀。
东宁政权输军不输阵，1681年10月28日，郑克塽在台江举行“拜将送征仪式”。巳时三刻，200余艘战船，2万名将士，云帆蔽空，海涛轰鸣，群情激昂，开往澎湖。大部队走后，台湾的东宁政权更是惶惶不可终日。
